Babası Bünyamin Efendi 1978’de Sivas’tan İstanbul’a göç edince Yakup Efendi eğitimine burada devam etmiş, üstadının hizmetlerini titizlikle yerine getirmiştir. Üstadının gece gündüz mürid ve müridana hizmetteki mücadelesi sebebiyle Emr-i Bi’l-Mâruf Ve Nehy-i Ani’l- Münker hizmetinin inceliklerini bizzat sahada pratik ederek öğrendi. Babasıyla birlikte ülkedeki dergahların birçoğunu gezerek cemaatlerin durum, konum ve kritiğini yapma fırsatı buldu. Üstadının manevi ikliminden ziyadesiyle istifade eden Yakup YILDIRIM Efendi, hayır dualarını alarak yüksek teveccühlere mazhar oldular.

İlköğretim tahsilini köyünde, ortaöğretimi İstanbul Göztepe Mehmet Beyazıt Lisesi / Akşam Bölümü’nde okudu. Hafıza teknikleri ile Arapça dil kursunu bitirerek sertifika sahibi oldu. Gençlerin eğitimine özellikle çok önem veren Yakup YILDIRIM Efendi, İstanbul ve Anadolu’nun birçok yerinde Emr-i Bi’l-Mâruf Nehy-i Ani’l- Münker hizmeti ifa etmektedir. Babasının “Sen yok ol ki Hakk sende var olsun” ölçüsünü hayatına şiar edinerek hizmetlerini bu ölçüde devam ettirmektedir. Çok sabırlı ve yumuşak huylu olup tasavvufun adap ölçülerine titizlikle bağlıdır. Bünyamin YILDIRIM Efendi gibi son devre ismini altın harflerle yazdıran büyük bir şeyh efendinin oğlu olmalarına rağmen adap ölçüsünü hiçbir zaman aşmamış, kendilerine ‘babam’ diye değil ‘Efendi Hazretleri yahut “efendim” veya üstadım’ diye hitap etmeye devam etmiştir.